概要

プレハブモードの時は Scene ビューに「Auto Save」のチェックボックスが表示されますが

Project Settings の「Editor > Prefab Mode > Allow Auto Save」をオフにすることで

「Auto Save」のチェックボックスを非表示にして Auto Save を無効化できるようになりました
この設定は Unity プロジェクトの「ProjectSettings/EditorSettings.asset」に保存されるため
その Unity プロジェクトを使用している人すべてに設定が反映されます