概要
詳しくは上記のサイト様が紹介してくださっておりますが、
Bundle Identifier をスクリプトから設定したい場合は
PlayerSettings.applicationIdentifier = "XXXX";
PlayerSettings.applicationIdentifier を使うよりも
PlayerSettings.SetApplicationIdentifier( BuildTargetGroup.iOS, "XXXX" );
PlayerSettings.SetApplicationIdentifier を使った方が良さそう