概要
Your current multi-scene setup has inconsistent Lighting settings which may lead to different lighting when loading scenes individually or in a different order! Consider homogenizing the following: 1/2 scenes have different Realtime GI settings.
Unity のプロジェクトを Unity 2018.2.7f1 にアップデートしたら
Unity 再生中にシーンを切り替えた時に上記の警告が発生するようになった
この警告を非表示にする方法は現状存在しないようで、
Unity 2018.3 以降で修正されるらしい